A törökök Luxemburgi Zsigmond uralkodása idején kezdtek betörni országunkba. Ekkor a király kiépíttette a déli végvárrendszert, és új adó bevezetésével akart pénzhez jutni, amelyből fenn tudja tartani az ország hadseregét. Zsigmond halála után belső trónviszályok voltak Magyarországon. A törökök ezt kihasználva délen és keleten kezdtek betörni az országba. Ekkor megjelent Hunyadi János, aki erdélyi vajda és az ország legnagyobb földesura volt. 1442-ben a törökök támadást indítottak Erdély ellen. Hunyadi vereséget szenvedett és nagyobb sereget szervezett. Még ebben az évben Szentimrén a magyarok győzelmet arattak a törökök felett. Ebben a csatában Kamonyai Simon Hunyadi Jánosnak öltözött be, hogy őt támadják meg a törökök és ne Hunyadit (a törökök tudták, hogy Hunyadi János nagyon erős katona, és minden csatában őt támadták).

1440-ben I. Ulászló került a trónra, majd 1443-ban a király és Hunyadi vezetésével megindult a „hosszú hadjárat” a török ellen. Először a török kézen lévő balkáni területeket támadták meg, majd továbbmentek a Balkán-hegységhez, de beállt a tél, emiatt Hunyadi János és I. Ulászló úgy döntöttek, hogy visszafordulnak seregükkel együtt. 1444-ben Várnánál újabb támadást intéztek a török ellen, de az ígért európai segítség elmaradt, ezért a magyarok vereséget szenvedtek. I. Ulászló életét vesztette a csatában, és 1444-ben a még kiskorú V. László került a trónra, Hunyadit pedig kormányzóvá választották 1446-ban. Az 1448-ban indult balkáni hadjárat a rigómezei csatában – mivel Szkander bég segítsége elmaradt – súlyos magyar vereséggel zárult.

1453-ban Konstantinápoly török kézre került, és a törökök következő célja Nándorfehérvár megszerzése lett. Ez 1456-ban, a nándorfehérvári csatában nem sikerült nekik, ezután hosszú ideig nem került sor a szultáni főerők bevetésére Magyarország ellen.

Az 1520-as évek elején az oszmánok nagy lendülettel támadtak a déli magyar végvárrendszerre, és azt sikeresen át is törték. Ezt követte az ország belseje ellen intézett támadás 1526-ban, amely a mohácsi vereséghez és azt követően az egységes Magyar Királyság felbomlásához vezetett. Ekkor még kivonultak a török csapatok Budáról, és Bécs sikertelen 1529-es ostroma után sem maradt megszálló erő az ország középső részén. A kirobbanó magyar belháborúnak végetvetve 1541-ben az Oszmán Birodalom elfoglalta Budát. Ezzel a Magyar Királyság három részre szakadt: a Királyi Magyarországra, a Keleti Magyar Királyságra (1570-től Erdélyi Fejedelemség), illetve a hódoltság területére. A hódoltság igazgatására létrejött a budai vilájet.

A következő negyed században a törökök elfoglalták az ország területének 40%-át, amit aztán kisebb-nagyobb hódításokkal tovább bővítettek. A tizenöt éves háború kitöréséig kiterjesztették hatalmukat a Délvidék mellett az Alföld nagy részére és a Dunántúl déli és keleti részére. 1552-ben megalakult a temesvári vilájet is a megnövekedett terület igazgatására.

A tizenöt éves háború nagy pusztítást hozott a hódoltság területén és a határvidéken élők számára, azonban igazi döntést egyik fél sem tudott kiharcolni. Ekkor jött létre az egri és a kanizsai vilájet, valamint a rövid életű győri is. Az Alföldet és a Partiumot tatárok pusztították, ami kisebb települések sorát törölte el a Föld színéről.

A 17. században az Oszmán Birodalom fejlődése elmaradt a nyugat-európai államok mögött, és a belső nehézségek a magyarországi területeket sem kerülték el. Az adóterhek egyre növekedtek, ugyanakkor az osztrák Habsburgok ereje egyre nőtt. A század végén is még támadott az oszmán hadsereg, de Bécset nem sikerült meghódítaniuk. Az 1683-as Bécs előtti vereség után a Szent Szövetség igen gyorsan kiűzte a törököket a Hódoltság túlnyomó részéről. Az 1699-es karlócai béke után már csak a Temesköz maradt török kézen.